MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-15

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020379	TAA	2	6	54	59	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202827
2	NC_020379	A	6	6	70	75	100 %	0 %	0 %	0 %	452202827
3	NC_020379	AT	3	6	93	98	50 %	50 %	0 %	0 %	452202827
4	NC_020379	T	6	6	98	103	0 %	100 %	0 %	0 %	452202827
5	NC_020379	TAT	2	6	107	112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202827
6	NC_020379	CGTATT	2	12	172	183	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	452202827
7	NC_020379	CGA	2	6	191	196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452202827
8	NC_020379	TA	3	6	225	230	50 %	50 %	0 %	0 %	452202827
9	NC_020379	GGT	2	6	241	246	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452202827
10	NC_020379	AGGT	2	8	317	324	25 %	25 %	50 %	0 %	452202827
11	NC_020379	AAT	2	6	334	339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202827
12	NC_020379	AGA	2	6	420	425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202827
13	NC_020379	CTA	2	6	453	458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202827
14	NC_020379	TA	3	6	457	462	50 %	50 %	0 %	0 %	452202827
15	NC_020379	ATTAAA	2	12	468	479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202827
16	NC_020379	TA	3	6	490	495	50 %	50 %	0 %	0 %	452202827
17	NC_020379	A	6	6	495	500	100 %	0 %	0 %	0 %	452202827
18	NC_020379	A	6	6	534	539	100 %	0 %	0 %	0 %	452202827
19	NC_020379	AAG	2	6	614	619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202827
20	NC_020379	TATC	2	8	660	667	25 %	50 %	0 %	25 %	452202827
21	NC_020379	A	7	7	699	705	100 %	0 %	0 %	0 %	452202827
22	NC_020379	AT	3	6	775	780	50 %	50 %	0 %	0 %	452202827
23	NC_020379	TCA	2	6	891	896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202827
24	NC_020379	TTC	2	6	966	971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202827
25	NC_020379	GAT	2	6	1044	1049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202827
26	NC_020379	CCT	2	6	1131	1136	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452202827
27	NC_020379	AGA	2	6	1139	1144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202827
28	NC_020379	GAA	2	6	1170	1175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202827
29	NC_020379	AAAG	2	8	1230	1237	75 %	0 %	25 %	0 %	452202827
30	NC_020379	GT	4	8	1278	1285	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020379	T	6	6	1315	1320	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020379	ATTTT	2	10	1342	1351	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020379	A	8	8	1394	1401	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020379	T	6	6	1413	1418	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020379	TCT	2	6	1572	1577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
36	NC_020379	TTC	2	6	1601	1606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
37	NC_020379	AT	3	6	1620	1625	50 %	50 %	0 %	0 %	452202828
38	NC_020379	CA	3	6	1635	1640	50 %	0 %	0 %	50 %	452202828
39	NC_020379	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202828
40	NC_020379	A	6	6	1727	1732	100 %	0 %	0 %	0 %	452202828
41	NC_020379	ATTG	2	8	1751	1758	25 %	50 %	25 %	0 %	452202828
42	NC_020379	TTTA	2	8	1766	1773	25 %	75 %	0 %	0 %	452202828
43	NC_020379	TTA	2	6	1803	1808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202828
44	NC_020379	TTA	2	6	1981	1986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202828
45	NC_020379	TTC	2	6	2033	2038	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
46	NC_020379	CCA	2	6	2040	2045	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452202828
47	NC_020379	A	6	6	2053	2058	100 %	0 %	0 %	0 %	452202828
48	NC_020379	GAG	2	6	2086	2091	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452202828
49	NC_020379	CAA	2	6	2105	2110	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452202828
50	NC_020379	GT	3	6	2111	2116	0 %	50 %	50 %	0 %	452202828
51	NC_020379	TTC	2	6	2162	2167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
52	NC_020379	ATG	2	6	2186	2191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202828
53	NC_020379	AAG	2	6	2192	2197	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202828
54	NC_020379	GTA	2	6	2232	2237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202828
55	NC_020379	AGA	3	9	2369	2377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202828
56	NC_020379	GAT	2	6	2400	2405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202828
57	NC_020379	CAT	3	9	2458	2466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202828
58	NC_020379	GATT	2	8	2604	2611	25 %	50 %	25 %	0 %	452202828
59	NC_020379	GAA	2	6	2704	2709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202828
60	NC_020379	CTT	2	6	2728	2733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
61	NC_020379	T	6	6	2808	2813	0 %	100 %	0 %	0 %	452202828
62	NC_020379	TA	3	6	2858	2863	50 %	50 %	0 %	0 %	452202828
63	NC_020379	TCA	2	6	2922	2927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202828
64	NC_020379	ATC	2	6	2942	2947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202828
65	NC_020379	ATG	2	6	2957	2962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202828
66	NC_020379	ATA	2	6	3032	3037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202828
67	NC_020379	TCA	3	9	3057	3065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202828
68	NC_020379	ATTCA	2	10	3140	3149	40 %	40 %	0 %	20 %	452202828
69	NC_020379	TCG	2	6	3190	3195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452202828
70	NC_020379	TAA	2	6	3215	3220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202828
71	NC_020379	GTT	2	6	3298	3303	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452202828
72	NC_020379	CTT	2	6	3307	3312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
73	NC_020379	TAA	2	6	3412	3417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202828
74	NC_020379	TCT	2	6	3427	3432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
75	NC_020379	T	6	6	3440	3445	0 %	100 %	0 %	0 %	452202828
76	NC_020379	TGCT	2	8	3452	3459	0 %	50 %	25 %	25 %	452202828
77	NC_020379	T	6	6	3476	3481	0 %	100 %	0 %	0 %	452202828
78	NC_020379	TTTG	2	8	3486	3493	0 %	75 %	25 %	0 %	452202828
79	NC_020379	TCA	2	6	3499	3504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202828
80	NC_020379	T	6	6	3697	3702	0 %	100 %	0 %	0 %	452202828
81	NC_020379	GTA	2	6	3856	3861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202828
82	NC_020379	TTG	2	6	3884	3889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452202828
83	NC_020379	CATA	2	8	3919	3926	50 %	25 %	0 %	25 %	452202828
84	NC_020379	GAA	2	6	3931	3936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202828
85	NC_020379	TAT	2	6	3988	3993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202828
86	NC_020379	TTG	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452202828
87	NC_020379	TAA	2	6	4025	4030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202828
88	NC_020379	AGA	2	6	4046	4051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202828
89	NC_020379	TTC	2	6	4133	4138	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202828
90	NC_020379	CCAG	2	8	4211	4218	25 %	0 %	25 %	50 %	452202828
91	NC_020379	ATTTT	2	10	4434	4443	20 %	80 %	0 %	0 %	452202829
92	NC_020379	T	6	6	4440	4445	0 %	100 %	0 %	0 %	452202829
93	NC_020379	AGT	2	6	4473	4478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452202829
94	NC_020379	AGA	2	6	4555	4560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202829
95	NC_020379	TAA	2	6	4582	4587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202829
96	NC_020379	GAC	2	6	4616	4621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452202829
97	NC_020379	TAA	2	6	4651	4656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202829
98	NC_020379	CTGTA	2	10	4678	4687	20 %	40 %	20 %	20 %	452202829
99	NC_020379	TCGA	2	8	4694	4701	25 %	25 %	25 %	25 %	452202829
100	NC_020379	GTT	2	6	4753	4758	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452202829
101	NC_020379	CCT	2	6	4761	4766	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452202829
102	NC_020379	AAT	2	6	4778	4783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202829
103	NC_020379	TCAT	2	8	4809	4816	25 %	50 %	0 %	25 %	452202829
104	NC_020379	GATA	2	8	4820	4827	50 %	25 %	25 %	0 %	452202829
105	NC_020379	TTA	2	6	4890	4895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202829
106	NC_020379	AC	3	6	4903	4908	50 %	0 %	0 %	50 %	452202829
107	NC_020379	T	6	6	4920	4925	0 %	100 %	0 %	0 %	452202829
108	NC_020379	CAA	2	6	4936	4941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452202829
109	NC_020379	TTG	2	6	5006	5011	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452202829
110	NC_020379	CTA	2	6	5052	5057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202829
111	NC_020379	TAAGA	2	10	5242	5251	60 %	20 %	20 %	0 %	452202829
112	NC_020379	TCC	2	6	5282	5287	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_020379	TATT	2	8	5317	5324	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020379	ATTTAT	2	12	5357	5368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020379	ACA	2	6	5382	5387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_020379	TGT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020379	ATT	2	6	5406	5411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020379	T	6	6	5410	5415	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020379	A	7	7	5420	5426	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020379	AAT	2	6	5446	5451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020379	AT	3	6	5453	5458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020379	T	6	6	5466	5471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020379	T	7	7	5494	5500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020379	TAG	2	6	5525	5530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020379	TAA	2	6	5686	5691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020379	ATG	2	6	5699	5704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020379	AGG	2	6	5714	5719	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020379	AAT	2	6	5838	5843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202830
129	NC_020379	CAA	2	6	5847	5852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452202830
130	NC_020379	CGGA	2	8	5908	5915	25 %	0 %	50 %	25 %	452202830
131	NC_020379	AAG	2	6	5929	5934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452202830
132	NC_020379	ATC	2	6	5954	5959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202830
133	NC_020379	CAA	2	6	6114	6119	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452202830
134	NC_020379	CAA	3	9	6210	6218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452202830
135	NC_020379	ATC	2	6	6219	6224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202830
136	NC_020379	CAA	2	6	6231	6236	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452202830
137	NC_020379	A	7	7	6313	6319	100 %	0 %	0 %	0 %	452202830
138	NC_020379	CT	3	6	6336	6341	0 %	50 %	0 %	50 %	452202830
139	NC_020379	A	6	6	6352	6357	100 %	0 %	0 %	0 %	452202830
140	NC_020379	TGAA	2	8	6358	6365	50 %	25 %	25 %	0 %	452202830
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166	NC_020379	TAT	2	6	7373	7378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_020379	ATT	2	6	7381	7386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_020379	TAAA	2	8	7685	7692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020379	TGT	2	6	7698	7703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_020379	A	6	6	8355	8360	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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278	NC_020379	CATAT	2	10	12877	12886	40 %	40 %	0 %	20 %	452202838
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281	NC_020379	T	6	6	12969	12974	0 %	100 %	0 %	0 %	452202838
282	NC_020379	CT	3	6	13002	13007	0 %	50 %	0 %	50 %	452202839
283	NC_020379	ATA	2	6	13008	13013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202839
284	NC_020379	TCG	2	6	13024	13029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452202839
285	NC_020379	TC	3	6	13037	13042	0 %	50 %	0 %	50 %	452202839
286	NC_020379	CTT	2	6	13126	13131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202839
287	NC_020379	TA	3	6	13212	13217	50 %	50 %	0 %	0 %	452202839
288	NC_020379	AT	3	6	13295	13300	50 %	50 %	0 %	0 %	452202839
289	NC_020379	CT	3	6	13337	13342	0 %	50 %	0 %	50 %	452202840
290	NC_020379	TCA	2	6	13347	13352	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452202840
291	NC_020379	CTTT	2	8	13402	13409	0 %	75 %	0 %	25 %	452202840
292	NC_020379	T	6	6	13459	13464	0 %	100 %	0 %	0 %	452202840
293	NC_020379	TGG	2	6	13553	13558	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452202840
294	NC_020379	GTC	2	6	13571	13576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452202840
295	NC_020379	CACT	2	8	13584	13591	25 %	25 %	0 %	50 %	452202840
296	NC_020379	TTA	2	6	13662	13667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202840
297	NC_020379	CTG	2	6	13711	13716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452202840
298	NC_020379	TTC	2	6	13741	13746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202840
299	NC_020379	TAA	2	6	13757	13762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452202840
300	NC_020379	TTA	2	6	13828	13833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452202841
301	NC_020379	CT	3	6	13859	13864	0 %	50 %	0 %	50 %	452202841
302	NC_020379	CCT	2	6	13901	13906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452202841
303	NC_020379	TCT	2	6	13927	13932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202841
304	NC_020379	A	6	6	13953	13958	100 %	0 %	0 %	0 %	452202841
305	NC_020379	TA	3	6	14004	14009	50 %	50 %	0 %	0 %	452202841
306	NC_020379	TCC	2	6	14046	14051	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
307	NC_020379	TAA	2	6	14059	14064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_020379	CTT	2	6	14210	14215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452202842
309	NC_020379	TG	3	6	14230	14235	0 %	50 %	50 %	0 %	452202842
310	NC_020379	TGG	2	6	14334	14339	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452202842
311	NC_020379	TTGT	2	8	14400	14407	0 %	75 %	25 %	0 %	452202842
312	NC_020379	CCG	2	6	14587	14592	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452202842
313	NC_020379	T	7	7	14626	14632	0 %	100 %	0 %	0 %	452202842
314	NC_020379	T	6	6	14748	14753	0 %	100 %	0 %	0 %	452202842
315	NC_020379	CTT	2	6	14784	14789	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
316	NC_020379	TTG	2	6	14797	14802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
317	NC_020379	AAC	2	6	14816	14821	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
318	NC_020379	ATAAC	2	10	14833	14842	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
319	NC_020379	CTTTA	2	10	14865	14874	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
320	NC_020379	A	7	7	14943	14949	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_020379	TTCT	2	8	14955	14962	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
322	NC_020379	T	6	6	14988	14993	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_020379	CTT	2	6	15058	15063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
324	NC_020379	T	6	6	15062	15067	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_020379	AGA	2	6	15068	15073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
326	NC_020379	A	7	7	15080	15086	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.